בסעיף הניכויים נכללים התשלומים שניתן להפחית מההכנסה החייבת במס –ובכך משלמים פחות מס הכנסה. נניח הכנסה שנתית של 100,000 ₪ מפחיתים מזה את הניכויים לדוגמא סך של 10,000 ₪ מכאן שההכנסה החייבת במס הינה – 90,000 ₪ ומכאן מחשבים את המס המשולם לפי מדרגות המס. יש לציין כי ניתן לנכות רק הוצאות שמטרתן היה ייצור הכנסה. בניגוד לניכויים אשר מקטינים את ההכנסה החייבת במס, הטבת זיכוי הכוונה להחזר כספי מהמס המשולם בפועל.
