ניכוי מע"מ משכר סופרים + מע"מ

שלום רוב חיי המקצועיים עבדתי כשכיר ואני חושש שמישהו מנסה לנצל חוסר בקיאות שלי בנושאי מיסוי. מיולי האחרון אני מועסק במסגרת פרוייקט נקודתי בשכר סופרים, פרוייקט שיסתיים בראשון לאוקטובר. לפני כן הייתי שכיר ומיסיי שולמו במסגרת זו. במסגרת הפרוייקט שכרי כשכר סופרים על פי חוזה הוא 20000 ש"ח +מע"מ. אני אמור לקבל ארבעה תשלומים שווים בראשון לכל חודש (7-10/2019), 5000 ש"ח בכל פעם. זו הכנסתי היחידה בכל תקופה זו. רשות המיסים פטרה אותי מפתיחת תיק מאחר שמדובר בהכנסות (שכר סופרים) ממקור יחיד, ובשל גובהן וחד פעמיותן. בתשלום האחרון (01.09) הורד מע"מ משכרי. כשפניתי ושאלתי מדוע נאמר לי שמועבר מע"מ בשמי לרשות המיסים ושזה תשלום נוסף על המע"מ, לכאורה מס הכנסה. לאור הסכום הנמוך אני שואל האם על סכום כזה כשכר סופרים והכנסה יחידה, ייתכן שאני אמור לשלם מס מעבר למע"מ? והאם תשלומים כעין אלה לא אמורים לחול על המעסיק בהינתן שכר + מע"מ? ברשות המיסים אגב אמרו לי שאיני מגיע לסף המס.