מס הכנסה על הפרשים

אשתי המועסקת כגננת במשרד החינוך לא קיבלה כבר חודשיים משכורת בגלל טעות בהזנת הנתונים למחשב שמחשב את התלוש החודשי. אשתי זכאית לפטור ממס הכנסה עקב היותה בעלת השכלה אקדמאית. השאלה שלי היא האם יחול הפטור ברגע שיוחזרו הסכומים כי הרי הפטור מוגבל לסכום שנתי מסויים שאותו נעבור באותו החודש שיוחזר הכסף. והאם כדאי לפנות לבית הדין לעבודה?